기술혁신형 합병에 대한 세액공제 안내(2025년 중소기업 조세지원)

기술혁신형 합병 세액공제는 내국법인이 기술혁신형 중소기업을 합병할 경우, 기업의 기술 가치를 인정하여 법인세 부담을 경감하는 제도입니다. 이는 기업의 인수합병(M&A)을 통한 기술 경쟁력 강화와 성장을 지원하는 핵심적인 세제 혜택입니다.

적용 대상 및 합병 요건

이 세액공제는 2024년 12월 31일까지 기술혁신형 중소기업을 합병하는 내국법인에 적용됩니다. 다음의 요건을 모두 충족하는 합병이어야 합니다.

1. 사업 지속성: 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병이어야 합니다.
2. 양도가액 기준: 양도가액이 합병등기일 현재 피합병법인(합병되는 회사)의 순자산 시가(시장가치)의 1.3배 이상이어야 합니다.
3. 지배주주 요건: 피합병법인의 주주 또는 출자자가 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 합병법인의 지배주주에 해당하지 않아야 합니다. 이는 합병을 통한 실질적인 사업 확장 및 기술 흡수를 장려하기 위함입니다.
4. 사업 승계: 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 사업을 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 계속하여 영위해야 합니다.

'기술혁신형 중소기업' 이란?

이 공제를 받기 위해서는 피합병법인이 다음 중 하나에 해당해야 합니다.

• 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업.
• 「중소기업 기술혁신 촉진법」에 따라 기술혁신형 중소기업(INNOBIZ)으로 선정된 기업.
• 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 연구·인력개발비가 매출액의 5% 이상인 중소기업.
• 합병등기일까지 「산업기술혁신 촉진법」에 따른 신기술 인증, 「보건의료기술 진흥법」에 따른 보건신기술 인증, 「산업기술혁신 촉진법」에 따른 신제품 인증, 「제약산업 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 혁신형 제약기업 인증, 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」에 따른 선정, 「의료기기산업 육성 및 혁신의료기기 지원법」에 따른 혁신형 의료기기기업 인증 등 특정 기술 인증을 받은 중소기업.

세액공제 혜택

합병법인은 양도가액 중 기술가치 금액의 10%에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제받을 수 있습니다.

'기술가치 금액' 산정 방식 (택 1):

• 합병등기일 전후 3개월 이내에 피합병법인이 보유한 특허권 등 기술 관련 권리를 평가한 금액의 합계액.
• 양도가액에서 (피합병법인의 순자산 시가 × 1.2)를 차감한 금액.

사후 관리 및 유의사항

세액공제를 받은 후 3년 이내에 다음의 사유가 발생하는 경우, 공제받은 세액과 해당 이자 상당액을 납부해야 합니다.

• 피합병법인의 주주 등이 합병법인의 지배주주에 해당하는 경우.
• 합병법인이 승계 받은 사업을 폐지하는 경우 (단, 파산이나 회생절차에 따른 자산 처분은 예외).
• 이자 상당액 가산액은 익금불산입에 따른 세액 차액 × 기간 × 0.022%로 계산됩니다.

기타 세금 관련:

• 최저한세 적용 대상: 이 세액공제는 최저한세 적용 대상이므로, 다른 세액감면과 함께 적용 시 최소한의 법인세는 납부해야 할 수 있습니다.
• 농어촌특별세 비과세: 공제받은 세액에 대해서는 농어촌특별세가 비과세됩니다.

신청 절차

법인세 과세표준 신고 시 세액공제신청서와 공제세액계산서를 관할 세무서장에게 함께 제출해야 합니다.

이 제도는 기술 경쟁력 확보를 위한 중소기업 간의 전략적 합병을 적극적으로 지원하여, 기업의 지속적인 성장과 혁신을 돕는 중요한 기회입니다. 세부적인 요건 충족 여부 및 최적의 공제 방안은 전문가와 상담하여 진행하시길 권고합니다.