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농업회사법인에 대한 세제 혜택 안내(2025년 중소기업 조세지원)

국세상담센터

사업 개요

농업회사법인에 대한 세제 혜택은 농업 경영의 효율성을 높이고 관련 산업 투자를 촉진하기 위해 법인, 농업인, 그리고 법인 투자자에게 다양한 세금 감면 및 면제 혜택을 제공합니다. 이 제도는 2026년 12월 31일까지 발생하는 소득 또는 현물출자에 대해 적용됩니다.

식량작물재배업 소득 법인세 면제:
식량작물재배업에서 발생하는 소득에 대해서는 법인세가 100% 면제됩니다.
식량작물재배업 외 작물재배업 소득 법인세 면제:
식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득에 대해서는 일정 한도(50억 원) 내에서 법인세가 면제됩니다.
축산업, 임업 및 부대사업 소득 법인세 감면:
축산업, 임업에서 발생하는 소득과 농산물 유통·가공·판매, 농작업 대행 등 농업회사법인의 부대사업 소득에 대해서는 최초 소득 발생 과세연도(사업개시 후 5년 이내 소득이 없는 경우 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 5년간 법인세 50%를 감면합니다.
- 단, 수입 농산물 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 감면 대상에서 제외됩니다.
- 농업인이 아닌 자가 지배하고, 출자총액 80억 원 초과, 농업인 및 농업 관련 생산자단체 출자 지분 합계가 50% 미만인 농업회사법인의 경우 도소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업 제외) 소득은 감면 대상에서 제외됩니다.

농지 또는 초지 현물출자 양도소득세 감면:
농업인이 농지 또는 초지를 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세를 100% 감면합니다.
- 단, 해당 농지 또는 초지가 주거지역 등에 편입되거나 환지 예정지 지정을 받은 경우, 그 편입/지정일까지 발생한 소득에 한해 감면이 적용됩니다.
기타 농업용 부동산 현물출자 양도소득세 이월과세:
농업인이 농작물재배업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(농지, 초지 제외)을 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세 이월과세를 적용합니다. 이월과세는 해당 법인이 해당 부동산을 양도하는 시점까지 과세를 이연하는 제도입니다.

식량작물재배업 소득 배당 소득세 면제:
농업회사법인에 출자한 거주자가 식량작물재배업 소득에서 발생하는 배당소득을 받는 경우 소득세가 100% 면제됩니다.
기타 작물재배업 및 부대사업 소득 배당 종합소득 합산과세 배제:
식량작물재배업 외 작물재배업 소득 및 부대사업 등 소득에서 발생하는 배당소득은 종합소득 합산과세에서 배제됩니다.

적용 대상 농업인 요건:
현물출자 혜택을 적용받는 농업인은 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 농어업인으로서, 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산이 소재하는 시·군·구(또는 연접한 시·군·구, 직선거리 30km 이내)에 거주하며 4년 이상 해당 농지 등을 직접 경작한 자여야 합니다.
현물출자 양도소득세 감면 사후 관리:
농업인이 농지 등을 현물출자하여 양도소득세를 면제받은 후, 출자일로부터 3년 이내에 해당 출자 지분을 다른 사람에게 양도하는 경우 감면받은 양도소득세와 이자 상당액이 추징될 수 있습니다.
최저한세 적용:
농업회사법인의 법인세 감면/면제는 「조세특례제한법」상 최저한세 규정의 적용을 받습니다. 단, 식량작물재배업 소득에 대한 법인세 면제와 거주자의 사업소득은 최저한세 적용 대상이 아닙니다.
농어촌특별세 비과세:
이러한 세제 혜택에 대해서는 농어촌특별세가 비과세됩니다.
문의 및 서류 제출:
각종 혜택을 적용받기 위해서는 과세표준 신고 시 세액감면신청서, 이월과세적용신청서 등 관련 증빙서류를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.