벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

벤처기업의 임직원 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례는 지원사업이 아닌 조세지원제도입니다. 이는 벤처기업 임직원에게 부여된 주식매수선택권 행사 시 발생하는 이익에 대해 세금 부담을 합리적으로 조정하여 인재 유치 및 성장을 지원하는 제도입니다.

핵심 혜택

벤처기업 임직원이 주식매수선택권을 행사하여 얻는 이익에 대해 행사 시점에는 근로소득세 또는 기타소득세를 과세하지 않습니다. 대신, 취득한 주식을 양도할 때 주식 양도소득으로 과세함으로써 세금 납부 시점을 늦추고 세 부담을 경감할 수 있습니다. 이는 특히 높은 소득세율 구간에 해당하는 임직원에게 큰 이점으로 작용할 수 있습니다.

지원 대상

이 특례는 다음 요건을 모두 충족하는 경우에 적용됩니다.

• 수혜자: 벤처기업 또는 벤처기업이 30% 이상 출자하여 인수한 기업의 임직원
  • 제외 대상: 지배주주, 부여받은 주식매수선택권 행사 전 지분율 10%를 초과하여 보유한 자, 또는 행사 시 지분율 10%를 초과하게 되는 자는 제외됩니다.
• 부여 시기: 2027년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의 3에서 정한 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여받고 행사하여 이익을 얻은 경우.

주요 조건

지원 대상이 되기 위해서는 다음 요건을 충족하는 주식매수선택권이어야 합니다.

• 주주총회 결의: 주식매수선택권 부여 전에 주식의 수량, 매수가액, 대상자, 기간 등에 대해 주주총회의 결의를 거쳐 임직원과 약정을 체결해야 합니다.
• 양도 불가: 주식매수선택권은 다른 사람에게 양도할 수 없어야 합니다.
• 재임/재직 기간: 주식매수선택권 부여 주주총회 결의일로부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 행사해야 합니다. (사망, 정년 등 불가피한 사유는 예외)
• 행사 가격: 주식매수선택권의 행사가격이 부여 당시의 시가보다 낮은 가액으로 부여받은 것이 아니어야 합니다. (즉, 부여 당시 행사가가 시가보다 높거나 같아야 합니다.)
• 행사 가액 한도: 행사일로부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지의 전체 행사가액 합계가 5억 원 이하여야 합니다.

유의사항

이 제도를 활용함에 있어 다음 사항들을 반드시 고려해야 합니다.

• 취득 주식의 처분 제한: 특례를 적용받아 취득한 주식을 증여하거나, 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우, 해당 이익은 근로소득 등으로 다시 과세될 수 있습니다. (단, 벤처기업의 파산, 합병, 분할 등 부득이한 사유는 제외)
• 행사 가액 초과 시: 만약 2년간의 전체 행사가액 합계가 5억 원을 초과하는 경우, 초과하는 금액뿐만 아니라 모든 행사이익에 대해 근로소득 등으로 과세될 수 있으니 유의해야 합니다.
• 벤처기업의 비용 손금 불인정: 임직원에게 근로소득세 등을 과세하지 않은 경우, 해당 주식매수선택권 행사로 인해 벤처기업이 발생하는 비용은 손금으로 인정되지 않습니다.
• 최저한세 및 농어촌특별세 적용 배제: 이 특례에 대해서는 최저한세가 적용되지 않으며, 농어촌특별세도 부과되지 않습니다.

절차 안내

이 특례를 적용받기 위한 주요 절차는 다음과 같습니다.

• 임직원 역할: 금융투자업자를 통해 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고, 특례적용신청서 및 전용계좌개설확인서를 행사일 전까지 벤처기업에 제출해야 합니다.
• 벤처기업 역할: 특례적용신청서를 접수받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 전용계좌에 입고하고, '주식매수선택권 행사주식지급명세서' 및 '특례적용대상명세서'를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 다음 달 10일까지 원천징수관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

이 제도는 벤처기업 임직원의 성과 보상에 대한 세금 부담을 완화하여 우수 인재 유치 및 유지에 기여하며, 기업의 성장 동력을 확보하는 데 중요한 역할을 할 수 있습니다. 관련 법령 및 상세 내용은 「조세특례제한법」 제16조의 4 및 동법 시행령 제14조의 4를 참조하시기 바랍니다.