벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

벤처기업 주식매수선택권(스톡옵션) 행사 이익에 대한 소득세 납부 방식에 특례를 적용하여 임직원의 세금 부담을 경감하고 재정적 유연성을 제공하는 제도입니다. 이는 직접적인 지원사업이 아닌, 중소기업 임직원에게 도움이 되는 조세지원제도의 일환입니다.

적용 대상

• 2027년 12월 31일까지 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받아 행사하여 이익을 얻은 벤처기업의 임원 또는 종업원이 대상입니다.
• 퇴직 후 주식매수선택권을 행사하는 경우에도 동일하게 적용됩니다.
• 단, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 지급받는 경우에는 이 특례가 적용되지 않습니다.

주요 내용 및 혜택

• 주식매수선택권 행사 시 발생하는 이익에 대한 소득세 중 비과세 한도를 초과하는 금액에 대해 납부 특례가 적용됩니다.
• 원천징수 의무 면제: 임직원이 납부 특례 적용을 신청하는 경우, 회사는 해당 소득에 대한 소득세를 원천징수하지 않습니다.
• 소득세 분할 납부: 주식매수선택권 행사이익에 대한 소득세액의 4/5(80%)에 해당하는 금액은 즉시 납부하지 않고, 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도에 걸쳐 분할 납부가 가능합니다.
  • 즉, 행사 연도에 1/5을 납부하고, 나머지 4/5는 이후 4년간 연 1/5씩 분할 납부하는 방식입니다. 이를 통해 임직원의 일시적인 세금 부담을 크게 완화할 수 있습니다.

회사 및 임직원 준비사항

• 임직원: 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 특례 적용 신청서를 회사(원천징수의무자)에 제출해야 합니다. 이후 종합소득세 확정 신고 시 신청서 사본을 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.
• 회사: 임직원으로부터 신청서를 받은 경우, 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 해당 신청서를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 또한, 주식매수선택권 행사 당시 해당 주식의 시가 정보를 입고된 계좌를 관리하는 금융회사에 제공해야 합니다.

특별 유의사항

• 최저한세 미적용: 본 특례는 최저한세 규정의 적용을 받지 않습니다.
• 농어촌특별세 미해당: 농어촌특별세 또한 부과되지 않습니다.

자세한 내용은 중소기업 조세지원 안내 책자 66페이지 '3-9 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례'를 참고하시기 바랍니다.