전략적 제휴를 위한 비상장주식 교환 등에 대한 과세특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

비상장 벤처기업의 주주가 전략적 제휴를 목적으로 주식을 교환하거나 현물출자하는 경우 발생하는 양도소득세 납부를 일정 기간 미룰 수 있는 제도입니다.

1. 지원 대상 (누가 혜택을 받을 수 있나요?)

• 주체: 비상장 벤처기업 주주
  • 해당 벤처기업 주식을 10% 이상 보유한 주주여야 합니다.
  • '비상장 벤처기업 등'에는 매출액 대비 연구·인력개발비 투자 비중이 5% 이상인 중소기업도 포함됩니다.
• 거래 시기: 2027년 12월 31일 이전에 이루어지는 거래에 한정합니다.
• 거래 유형:
  • 제휴법인이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(지분율 10% 이상 보유)의 주식과 교환하는 경우
  • 현물출자하는 경우

2. 전략적 제휴 요건 (어떤 제휴가 해당되나요?)

이 특례를 적용받기 위한 전략적 제휴는 다음과 같은 요건을 모두 충족해야 합니다:

• 벤처기업과 다른 법인(제휴법인)이 계약 당사자일 것
• 제휴 대상 사업 내용이 실현 가능하고 구체적일 것
• 제휴 사업에서 발생하는 손익 분배 방법이 정해져 있을 것
• 기술, 정보, 시설, 인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 있을 것
• 주식 교환 및 현물출자는 전략적 제휴 계획에 따라 비특수관계자 간에 이루어져야 하며, 취득한 주식을 1년 이상 보유하도록 계약 체결이 되어야 합니다.

3. 주요 혜택 (어떤 이점이 있나요?)

• 주식 교환 또는 현물출자로 발생한 양도차익에 대한 양도소득세는 즉시 과세되지 않고, 교환 후 취득한 제휴법인의 주식을 실제로 처분할 때까지 납부가 유예됩니다.

4. 주의사항 (혜택 유지 조건은?)

• 교환 등으로 취득한 제휴법인의 주식을 1년 이상 보유하지 않고 처분하는 경우에는 이연받았던 양도소득세를 납부해야 합니다.
• 이 제도는 최저한세 적용 대상이 아니며, 농어촌특별세도 과세되지 않습니다.

5. 신청 절차 (어떻게 신청하나요?)

• 이 특례를 적용받으려면 과세이연신청서를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

6. 관련 법령 (참고할 자료는?)

• 「조세특례제한법」 제46조의 7
• 「조세특례제한법 시행령」 제43조의 7
• 「조세특례제한법 시행규칙」 제19조의 3
• 더 자세한 내용은 2025년도 중소기업 조세지원 안내 책자 80페이지 '3-16. 전략적 제휴를 위한 비상장주식 교환 등에 대한 과세특례'를 참조하시기 바랍니다.