주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

이 조세지원 제도는 벤처기업 등의 최대주주가 보유 주식을 양도한 후, 해당 매각 대금의 일부를 벤처기업 등에 재투자하는 경우 양도소득세 납부를 이연 받을 수 있도록 설계되었습니다. 기업의 성장과 재투자를 촉진하기 위한 지원 방안으로 활용 가능합니다.

1. 지원 대상 및 주요 요건

본 제도는 다음의 요건을 모두 충족하는 주주에게 적용됩니다.

• 매각 대상 기업: 벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업 중 벤처기업 자격을 상실한 날로부터 7년 이내의 기업입니다.
• 과세특례 대상 주주: 매각 대상 기업의 창업자 또는 발기인이어야 합니다.
• 주식 양도 시점: 2026년 12월 31일 이전에 매각 대상 기업의 주식을 양도해야 합니다.
• 주식 양도 비율: 본인 보유 주식의 30% 이상을 특수관계인 외의 자에게 양도해야 합니다.
• 최대주주 지위 상실: 주식 양도 후 매각 대상 기업의 최대주주가 아니게 되어야 합니다.
• 재투자 의무: 양도 대금의 50% 이상을 다음 중 하나에 해당하는 방식으로 재투자해야 합니다.
  • 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자.
  • 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자.
  • 벤처기업 등에 직접 투자.
• 재투자 기한: 주식 양도일이 속하는 소득세법상 예정신고 기간의 종료일로부터 1년 이내에 재투자를 완료해야 합니다.
• 재투자 주식 보유 의무: 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 3년 이상 보유해야 합니다.

2. 지원 내용

• 양도소득세 과세 이연: 매각 대상 기업 주식의 양도 대금 중 재투자에 사용된 금액에 대해서는 해당 재투자로 취득한 주식 등을 처분할 때까지 양도소득세 과세가 이연됩니다.
• 사업 폐지 시 적용: 재투자 대상 기업이 사업을 폐지한 경우에도 과세 이연은 유지됩니다.
• 재투자 방법의 제한: 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방식으로 재투자하는 경우, 또는 재투자로 취득한 주식 등을 처분한 후 다시 재투자하는 경우에는 과세 이연이 적용되지 않습니다.

3. 유의사항

• 최저한세 미적용: 본 과세특례는 최저한세 적용 대상이 아닙니다.
• 농어촌특별세 미적용: 농어촌특별세 과세 대상에서 제외됩니다.

4. 절차 및 제출 서류

• 신청 시기: 양도소득세 예정신고 기한 내에 신청해야 합니다.
• 제출 서류: 과세이연신청서를 관할세무서장에게 제출합니다.