주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

벤처기업 임직원이 부여받은 주식매수선택권 행사 시 얻는 이익에 대한 소득세 비과세 특례 제도에 대해 안내드립니다. 본 제도는 정부 지원사업이 아닌 조세지원 혜택으로, 벤처기업의 인재 유치 및 유지에 기여하고 임직원의 성과 보상에 대한 실질적인 가치를 높이는 데 목적이 있습니다.

1. 주요 혜택

벤처기업의 임직원이 주식매수선택권을 행사하여 얻는 이익(행사 당시 시가와 실제 매수가액의 차이)에 대해 소득세를 과세하지 않습니다.

• 비과세 한도: 연간 2억 원
• 총 누적 한도: 해당 벤처기업별 총 누적 5억 원

2. 지원 대상

• 기업: 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 벤처기업 또는 해당 벤처기업이 30% 이상 인수한 기업.
• 개인: 위 기업의 임원 또는 종업원으로서, 2027년 12월 31일 이전에 주식매수선택권을 부여받은 자.
• 행사 시점: 재직 중뿐만 아니라 퇴직 후 행사하는 경우에도 적용됩니다.

3. 주식매수선택권 부여 및 행사 조건 (벤처기업육성에 관한 특별법 기준)

주식매수선택권을 효과적으로 활용하기 위해 기업이 인지해야 할 주요 조건은 다음과 같습니다.

• 부여 대상: 기업의 설립, 기술, 경영 혁신 등에 기여했거나 기여할 수 있는 임직원, 또는 벤처기업이 30% 초과하여 인수한 기업의 임직원 및 기술을 갖춘 자 등.
• 부여 제한 대상:
  • 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상을 가진 주주.
  • 이사회·감사 선임 등 회사의 주요 경영 사항에 사실상 영향력을 행사하는 자.
  • 위 대상자의 배우자 및 직계 존비속, 특수관계인.
• 행사 가격:
  • 신주 발행 시: 부여일 기준 주식 시가와 액면가 중 높은 금액 이상.
  • 현금 또는 자기 주식 양도 시: 부여일 기준 주식 시가 이상.
• 근무 기간: 부여받은 날로부터 2년 이상 재임 또는 재직해야 행사가 가능합니다. 단, 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 관계회사에 전출하는 등 특별한 경우에는 2년 미만 근무 시에도 비과세 특례를 적용받을 수 있으며, 이에 대한 입증이 필요합니다.
• 신고 의무: 주식매수선택권 부여에 관한 주주총회 결의 후 중소벤처기업부장관에게 그 내용을 신고해야 합니다.

4. 유의사항 및 적용 특례

• 최저한세 배제: 이 비과세 특례에는 최저한세 규정이 적용되지 않아, 다른 세액 감면과 관계없이 온전히 혜택을 누릴 수 있습니다.
• 농어촌특별세 비과세: 비과세 대상 이익에 대해서는 농어촌특별세가 과세되지 않습니다.

5. 절차 안내

주식매수선택권 행사이익 비과세 혜택 적용을 위해 원천징수의무자(기업)는 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말까지 관할 세무서장에게 비과세 특례 적용 명세서를 제출해야 합니다.

6. 추가 정보

더욱 상세한 정보는 첨부된 「2025년도 중소기업 조세지원」 안내 책자의 64~65페이지 "3-8. 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례" 사업 부분을 참조하시기 바랍니다.