중소기업의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세 안내(2025년 중소기업 조세지원)

본 세제 지원은 중소기업 간 통합을 통해 사업 경쟁력을 강화하고 경영 안정을 돕기 위한 제도입니다. 중소기업이 다른 중소기업과 통합되면서 사업용 자산을 양도할 때 발생하는 세금 부담을 줄여주고, 기존의 세제 혜택을 통합 법인으로 승계하여 사업 연속성을 확보할 수 있도록 설계되었습니다.

제도 개요

중소기업이 다른 중소기업과 통합하여 소멸하는 경우, 소멸 법인의 사업용 고정자산(유형·무형자산)을 통합 법인에 양도할 때 발생하는 양도소득세 등을 이월하여 과세합니다. 또한, 통합 법인은 해당 자산에 대한 취득세 감면 혜택을 받고, 소멸 법인이 누리던 남은 감면 기간의 세액 감면 및 미공제 세액을 승계받을 수 있습니다. 이는 기업 구조조정 및 재무 개선을 지원하여 중소기업의 지속적인 성장을 장려하는 목적을 가집니다.

지원 대상

소비성서비스업을 제외한 중소기업 간의 통합으로 소멸되는 중소기업과 해당 통합 법인이 대상입니다. 다음 요건을 모두 충족해야 합니다.

• 사업주 연속성 및 자산 승계: 통합으로 소멸되는 사업장의 사업주가 통합 법인의 주주 또는 출자자가 되어야 하며, 통합 법인은 소멸 사업장의 주된 자산을 모두 승계하고 사업의 동일성을 유지해야 합니다.
• 주식/지분 가액 요건: 소멸 사업장의 사업주가 통합으로 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 소멸 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다.
• 신설 법인의 과점주주 승계 제한: 설립 후 1년이 경과하지 않은 법인이 「국세기본법」상 과점주주의 사업을 승계하는 통합은 제외됩니다.

지원 내용

• 양도소득세 등 이월과세: 소멸되는 사업장에서 사용되던 사업용 고정자산(유형·무형자산)을 통합 법인에 양도하는 경우, 해당 자산에 대한 양도소득세 등은 통합 법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 이월되어 과세됩니다. 이는 당장의 세금 부담을 덜어주는 효과가 있습니다.
• 취득세 감면: 중소기업 간의 통합으로 설립되거나 존속하는 통합 법인이 2027년 12월 31일까지 양수하는 사업용 재산에 대해 취득세 50%가 감면됩니다. (단, 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 자산은 제외됩니다.)
• 세액감면 승계: 소멸 법인이 기존에 적용받던 세액감면(예: 창업중소기업 세액감면, 농공단지 입주기업 세액감면 등)의 감면 기간이 끝나기 전에 통합하는 경우, 통합 법인은 남은 감면 기간 동안 해당 세액감면을 적용받을 수 있습니다.
• 미공제세액 승계: 통합 법인은 소멸되는 중소기업의 미공제세액(예: 이월된 세액공제액 등)을 승계하여 향후 세금 납부 시 활용할 수 있습니다.

유의사항 및 사후관리

세제 혜택은 사업의 연속성과 안정적인 유지를 전제로 하므로, 다음 사유 발생 시 감면받은 양도소득세 및 취득세가 추징될 수 있습니다.

• 사업 폐지: 통합 법인이 소멸 중소기업으로부터 승계받은 사업을 5년 이내에 폐지하는 경우(승계받은 사업용 고정자산의 50% 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 포함).
• 주식 처분: 통합으로 취득한 통합 법인의 주식 또는 지분을 5년 이내에 50% 이상 처분하는 경우.
• 최저한세 적용: 미공제 세액 승계 또는 감면 승계 시 「조세특례제한법」에 따른 최저한세 규정이 적용될 수 있습니다.
• 농어촌특별세 과세: 미공제 세액 승계 또는 감면 승계 시 농어촌특별세가 과세됩니다.
• 사업의 동일성 유지: 통합의 가장 중요한 요건 중 하나는 사업의 동일성 유지입니다. 업종 변경 등 사업의 본질이 크게 바뀌는 경우 감면 혜택이 취소될 수 있습니다. (다만, 대분류 내 업종 변경 등 정당한 사유는 예외로 인정될 수 있습니다.)
• 주식 처분 예외: 상속 등 부득이한 사유로 인한 주식 처분은 추징 대상에서 제외될 수 있습니다.

신청 절차

• 법인세(양도소득세) 이월과세 신청: 과세표준 신고 시 "이월과세적용신청서"를 작성하여 관할 세무서장에게 제출합니다.
• 취득세 감면 신청: 감면 사유를 증명하는 서류와 함께 "지방세감면신청서"를 작성하여 관할 지방자치단체의 장에게 제출합니다.

주요 용어 설명

• 중소기업: 「중소기업기본법」에 따라 정의된 중소기업을 의미합니다.
• 소비성서비스업: 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업 제외), 일반유흥주점업, 무도유흥주점업, 단란주점 등 주점업(관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업 제외), 기타 오락ㆍ유흥업 등 특정 업종을 지칭하며, 이들 업종은 본 제도의 지원 대상에서 제외됩니다.
• 이월과세: 사업용 고정자산을 양도하는 시점에 양도소득세를 과세하지 않고, 해당 자산을 양수한 통합 법인이 추후 그 자산을 양도할 때 소멸 법인에 부과될 양도소득세 상당액을 통합 법인의 법인세로 납부하게 하는 제도입니다.
• 과점주주: 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인의 소유 주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자 총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말합니다.

관련 법령

• 법인세 및 양도소득세 이월과세:
  • 「조세특례제한법」 제31조 (중소기업의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세)
  • 「조세특례제한법 시행령」 제28조
  • 「조세특례제한법 시행규칙」 제15조
• 취득세 감면:
  • 「지방세특례제한법」 제57조의2, 제58조의3, 제183조, 제184조
  • 「지방세특례제한법 시행령」 제126조, 제127조
  • 「지방세특례제한법 시행규칙」 제10조

적용 사례

(참고: 아래 사례는 중소기업 간 통합이 아닌, 개인사업자의 법인 전환에 따른 양도소득세 이월과세 (조세특례제한법 제32조)에 대한 신청 예시이며, 통합에 따른 이월과세 신청의 기본적인 원리는 유사합니다.)

상황: 나 사장은 자신이 영위하던 개인 부동산임대업의 토지와 건물을 주식회사 나빌딩에 현물출자하여 법인으로 전환하고, 양도소득세 이월과세를 적용받고자 합니다.

자산 현황 (가정):

• 토지 (300㎡):
  • 취득가액: 150억 원, 취득세 등: 6.9억 원
  • 현물출자 시 시가: 180억 원
  • 양도소득세: 약 9.1억 원 (계산 후)
• 건물 (900㎡):
  • 취득가액: 100억 원, 취득세 등: 4.6억 원
  • 현물출자 시 시가: 110억 원
  • 양도소득세: 약 1.9억 원 (계산 후)
• 부동산 관련 부채: 장기차입금 70억 원, 임대보증금 10억 원
• 순자산가액 (소멸 사업장): 290억 원 (사업용 자산 시가 합계) - 80억 원 (부채 합계) = 210억 원
• 신주발행액 (통합 법인): 210억 원 (순자산가액 이상 발행 가정)

절차:

나 사장은 2025년 3월 31일(양도일이 속하는 과세연도 과세표준 신고기한)까지 주식회사 나빌딩과 함께 "이월과세적용 신청서"를 관할 세무서장에게 제출합니다. 이 신청서에는 양도자(나 사장), 양수인(주식회사 나빌딩)의 정보와 함께 토지 및 건물의 취득 및 양도 정보, 계산된 이월과세액, 그리고 소멸하는 사업장의 순자산가액 계산 내역이 포함됩니다.

결과: 나 사장은 당장 토지와 건물 양도에 따른 약 11억 원의 양도소득세를 납부하지 않고, 통합 법인인 주식회사 나빌딩이 해당 자산을 향후 처분할 때 이월된 세액을 법인세로 납부하게 됩니다.