창업중소기업 등에 대한 세액감면 안내(2025년 중소기업 조세지원)

새로운 사업의 시작을 준비하시거나 이미 초기 단계를 넘어서는 중소기업 대표님들을 위한 핵심 세금 지원 제도입니다. 정부는 창업 활성화와 중소기업 성장을 위해 법인세(소득세), 취득세, 재산세, 등록면허세 등 주요 세금을 일정 기간, 일정 비율로 감면해 드립니다. 이는 단순한 지원금이 아닌, 세금 부담을 직접적으로 줄여주는 조세 지원 제도라는 점을 먼저 말씀드립니다.

주요 세액 감면 제도 개요

1. 지원 대상 (2027년 12월 31일 이전 창업 기준)

아래 유형에 해당하는 중소기업이 해당 업종으로 창업한 경우 세액 감면 혜택을 받을 수 있습니다.

• 창업 중소기업: 신규 사업을 시작하는 중소기업.
• 창업 벤처 중소기업: 창업 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받은 기업 (특정투자형 또는 혁신성장형 벤처기업, 또는 연구개발비가 매출의 5% 이상인 중소기업).
• 창업 보육센터 사업자: 중소기업 창업을 지원하는 보육센터 운영자.
• 에너지 신기술 기업: 에너지 소비효율 1등급 제품, 고효율 에너지 기자재, 신·재생에너지 설비를 제조하는 중소기업.
• 재기 중소기업인: 폐업 후 2026년 12월 31일까지 동일 업종으로 사업을 재개한 중소기업인.

(참고: 정확한 창업 기업의 범위 및 업종은 별첨된 조세지원 안내 책자의 2장 2-4 창업기업의 범위 및 업종 표를 반드시 확인하시기 바랍니다.)

2. 핵심 지원 내용

가. 법인세/소득세 감면

• 감면 기간: 창업일 또는 벤처기업 확인일로부터 최대 5년간.
• 감면율 (기본):
  • 수도권과밀억제권역 외 지역 (2026년 1월 1일 이후 창업 기준):
    • 청년 창업 중소기업 (창업 당시 15세 이상 34세 이하 대표자): 5년간 100% 감면
    • 일반 창업 중소기업 (연 수입 8,000만원 이하): 5년간 100% 감면
    • 일반 창업 중소기업 (연 수입 8,000만원 초과): 5년간 50% 감면
    • 창업 벤처 중소기업/에너지 신기술 중소기업 (위 조건 불포함): 5년간 50% 감면
  • 수도권 (인구감소지역 제외) (2026년 1월 1일 이후 창업 기준):
    • 청년 창업 중소기업: 5년간 75% 감면
    • 일반 창업 중소기업 (연 수입 8,000만원 이하): 5년간 75% 감면
    • 일반 창업 중소기업 (연 수입 8,000만원 초과): 5년간 25% 감면
  • 수도권과밀억제권역 내 지역 (2026년 1월 1일 이후 창업 기준):
    • 청년 창업 중소기업: 5년간 50% 감면
    • 일반 창업 중소기업 (연 수입 8,000만원 이하): 5년간 50% 감면
  • 창업 보육센터 사업자: 사업 개시일로부터 5년간 50% 감면.
• 고용 증대 추가 감면: 수도권과밀억제권역 외 지역에서 상시근로자 증가 시, 증가율에 따라 추가 감면율 적용 (최대 100%까지).
• 감면 한도: 각 과세연도에 감면받는 세액의 합계액이 5억원을 초과하는 경우 초과분은 감면하지 않습니다.

나. 취득세 감면

• 감면 대상: 창업 중소기업 등이 해당 사업을 위해 취득하는 부동산. 창업보육센터 사업자의 경우 보육센터용으로 직접 사용하는 부동산.
• 감면율:
  • 수도권과밀억제권역 외 지역: 청년 창업 중소기업 및 청년 창업 벤처 중소기업은 5년간 75% 감면. 일반 창업 중소기업 및 창업 벤처 중소기업은 4년간 75% 감면.
  • 창업 보육센터 사업자: 학교 또는 산학협력단은 75% 감면, 그 외는 50% 감면.
• 주의 사항 (추징): 부동산 취득일로부터 3년 이내 해당 사업에 직접 사용하지 않거나, 다른 용도로 사용, 매각, 증여하는 경우 등에는 감면된 취득세가 추징될 수 있습니다.

다. 재산세 감면

• 감면 대상: 창업 중소기업 등이 해당 사업에 직접 사용(임대 제외)하는 부동산. 창업보육센터 사업자의 경우 보육센터용으로 직접 사용하는 부동산.
• 감면율:
  • 수도권과밀억제권역 외 지역:
    • 창업 중소기업 및 창업 벤처 중소기업은 창업일/벤처확인일로부터 3년간 100%, 이후 2년간 50% 감면.
    • 창업 보육센터 사업자: 학교 또는 산학협력단은 100% 감면, 그 외는 60% 감면.
  • 수도권과밀억제권역 내 지역: 창업 보육센터 사업자는 50% 감면.

라. 인지세 면제

• 면제 대상: 창업 기업이 창업일로부터 2년 이내 해당 사업 관련 금융기관 융자용 증서, 통장, 계약서 등에 대해 면제.
• 적용 기한: 2026년 12월 31일까지 작성하는 과세 문서에 한함.

핵심 확인사항 및 유의점

• 최저한세 적용: 감면 혜택을 받더라도, 모든 중소기업은 최소한의 세금을 납부해야 하는 '최저한세' 규정의 적용을 받습니다. 다만, 특정 조건(100% 감면 대상 기업, 고용증대 추가 감면분 등)에 한해 최저한세 적용이 배제될 수 있습니다. 면밀한 검토가 필요합니다.
• 중복 지원 배제: 「조세특례제한법」 상 유사한 목적의 세액공제나 감면은 중복 적용되지 않으며, 납세자에게 유리한 하나의 제도만을 선택해야 합니다.
• 감면 배제 사유:
  • 무신고, 기한 후 신고, 부당과소신고, 사업용 계좌 미신고, 현금영수증 가맹점 의무 불이행 등 세법상 의무를 위반한 경우 감면이 배제될 수 있습니다.
  • 수도권과밀억제권역 외 지역에서 창업하여 감면을 받던 기업이 수도권과밀억제권역 내에 지점을 설치하는 경우, 설치일이 속하는 과세연도부터 감면을 받을 수 없습니다. (단, 해당 지점 폐쇄 시 잔존 감면기간은 재적용 가능)
  • 합병, 분할, 현물출자, 사업 양수 등을 통해 기존 사업을 승계하는 방식의 창업은 이 제도의 창업으로 인정되지 않습니다.
  • 사업주가 사망하여 상속인에게 기업이 승계되는 경우, 상속인은 창업주가 아니므로 창업 중소기업 감면을 승계하여 적용받을 수 없습니다.
  • '청년 창업' 감면을 받던 법인에 청년이 아닌 대표이사가 새로이 취임하여 공동대표가 되는 경우, 해당 취임일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용받을 수 없습니다.
• 경정 청구 가능: 창업 중소기업 감면 요건을 충족했음에도 불구하고, 신고 시 감면 혜택을 받지 못했다면 법정 신고 기한으로부터 5년 이내에 관할 세무서에 경정 청구를 통해 감면을 신청할 수 있습니다.
• 농어촌특별세 비과세: 법인세, 소득세, 취득세 감면분에 대해서는 농어촌특별세가 비과세되나, 재산세 및 창업보육센터 사업자는 해당되지 않습니다.

신청 절차

• 법인세(소득세) 감면: 과세표준 신고 시 세액감면신청서, 벤처기업확인서 등 증빙 서류를 관할 세무서에 제출.
• 취득세·등록면허세 및 재산세 감면: 감면 사유를 증명하는 서류와 함께 지방세감면신청서를 관할 시장·군수·구청장에게 제출.
  • 취득세: 감면 대상 취득일로부터 60일 이내
  • 등록면허세: 등록을 하기 전까지
  • 재산세: 과세 기준일로부터 30일 이내

이 조세 지원 제도는 초기 사업 안정화에 큰 도움이 될 수 있는 핵심적인 혜택입니다. 상세 내용은 첨부된 '2025년도 중소기업 조세지원 안내 책자'의 42페이지 3-1번 항목을 반드시 참조하시어 귀사의 사업 계획에 반영하시기를 제안 드립니다.