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농공단지입주기업 등에 대한 세액감면 안내(2025년 중소기업 조세지원)

국세상담센터

사업 개요

본 안내는 중소기업 경영에 실질적인 도움을 드릴 수 있는 조세지원제도입니다. 특정 지역에 입주하는 기업의 소득에 대해 법인세(소득세)를 감면받을 수 있는 기회를 제공합니다.

다음 요건을 충족하는 내국인 기업이 본 세액감면의 대상이 됩니다.

농공단지 입주 기업:
- 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로서, 농공단지 지정일 현재 인구 20만 미만인 시·군·구에 소재하는 농공단지에 입주해야 합니다.
- 2025년 12월 31일까지 해당 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 한합니다.
중소기업특별지원지역 입주 중소기업:
- 「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의23에 따른 중소기업특별지원지역(예: 나주혁신 일반산업단지, 김제지평선 일반산업단지, 장흥바이오식품 일반산업단지, 북평 국가산업단지 등)에 2025년 12월 31일까지 입주하여 사업을 하는 중소기업이 해당됩니다. (전체 목록은 하단 참조 자료 확인)

감면율 및 기간: 최초 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날까지 소득이 발생하지 않을 경우 해당 5년차 과세연도)부터 5년간 법인세(소득세) 50%를 감면받을 수 있습니다.
감면 한도: 감면받을 수 있는 세액에는 다음과 같은 한도가 적용됩니다.
- 사업용자산 투자누계액의 50%
- 더하기 감면대상사업장의 상시근로자수 × 1천5백만원
  - (단, 청년 상시근로자와 「조세특례제한법 시행령」 제23조 제4항에 따른 서비스업을 하는 감면대상사업장의 상시근로자는 1인당 2천만원이 적용됩니다.)

감면 혜택을 받은 후에도 아래 조건들을 충족하지 못할 경우, 이미 감면받은 세액이 추징될 수 있으므로 각별한 주의가 필요합니다.

폐업 또는 법인 해산: 감면 대상 사업을 폐업하거나 법인이 해산(합병·분할 제외)하는 경우, 폐업일 또는 법인 해산일로부터 소급하여 3년 이내 감면된 세액을 납부해야 합니다.
사업장 이전: 감면 대상 사업장을 농공단지 또는 중소기업특별지원지역 외의 지역으로 이전하는 경우, 이전일로부터 소급하여 5년 이내 감면된 세액 및 이자상당가산액을 납부해야 합니다.
상시근로자 수 감소: 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지, 각 과세연도의 감면 대상 사업장 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 해당 감면 세액에 상당하는 금액을 납부해야 합니다.
기타: 본 조세지원제도는 최저한세 적용 대상이며, 농어촌특별세는 비과세됩니다.

보다 상세한 내용(개요, 전체 일정, 구체적인 지원지역 목록 등)은 첨부된 '중소기업 조세지원 안내 책자' 189~190페이지 '8-6. 농공단지입주기업 등에 대한 세액감면 사업'을 참조하시기 바랍니다.