수도권 밖으로 본사를 이전하는 기업에 대한 세액감면 안내(2025년 중소기업 조세지원)

본 제도는 수도권과밀억제권역에 소재한 본사를 지방으로 이전하는 법인에 대해 법인세 감면 혜택을 제공하여 지역 균형발전을 도모하는 조세지원 제도입니다.

1. 지원 대상 법인

다음 조건을 모두 충족하는 법인이 대상입니다.

• 본사 위치 및 유지 기간: 2025년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인이어야 합니다.
  • (참고) 본사를 신축하는 경우 2025년 12월 31일까지 본사 부지를 보유하고 이전계획서를 제출하면 2028년 12월 31일까지 완료 시 지원 가능합니다.
• 감면 제외 이력: 본사 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급하여 10년 이내에 동일한 감면 혜택을 받은 법인은 제외됩니다.
• 업종 유지: 본사 이전등기일부터 소급하여 2년 이상 영위하던 업종과 동일한 업종을 유지해야 합니다.
• 이전 조건: 다음 세 가지 조건을 모두 갖추어 본사를 수도권 밖으로 이전해야 합니다.
  • 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 내 기존 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환해야 합니다.
  • 수도권과밀억제권역 내 기존 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2년 이내에 수도권 밖에서 사업을 개시해야 합니다. (본사를 신축 이전하는 경우, 기존 본사 양도/전환일로부터 3년 이내 사업 개시)
  • 수도권 밖으로 이전한 본사에 대한 투자금액(사업용자산 누적투자액)이 10억 원 이상이어야 하며, 이전 본사의 근무인원이 20명 이상이어야 합니다.
• 제외 업종: 건설업, 부동산임대업, 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물 재판매는 제외), 부동산 중개 및 대리업, 소비성서비스업, 부동산매매업, 무점포판매에 해당하는 사업, 해운중개업은 지원 대상에서 제외됩니다. (단, 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」에 따른 이전공공기관의 사업은 제외되지 않습니다.)

2. 세액 감면 내용

법인세 또는 소득세가 감면되며, 감면율 및 기간은 이전 지역에 따라 차등 적용됩니다.

가. 100% 감면 기간:

본사 이전일 이후 최초 소득이 발생한 과세연도(이전일로부터 5년 이내 소득이 발생하지 않는 경우 이전일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 다음 기간까지 100% 감면이 적용됩니다.

• 수도권 등 소재 이전특례지역(*1)으로 이전: 5년간
• 수도권 밖 소재 이전특례지역(*2)으로 이전:
  • 위기지역, 성장촉진지역, 또는 인구감소지역으로 이전하는 경우: 7년간
  • 위 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 5년간
• 위 *1, *2 외 지역으로 이전:
  • 위기지역, 성장촉진지역, 또는 인구감소지역으로 이전하는 경우: 10년간
  • 위 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 7년간

나. 50% 감면 기간:

100% 감면 기간이 종료된 후, 다음 기간 동안 50% 감면이 적용됩니다.

• 일반적인 경우: 다음 2년간
• 100% 감면이 2)가) 또는 3)나)에 해당하는 경우: 다음 3년간

다. 감면 대상 소득 계산:

감면 대상 소득은 다음 산식에 따라 계산됩니다.

[과세연도 과세표준 - 토지/건물 및 부동산 취득 권리의 양도차익 - {(고정자산 처분익, 유가증권 처분익, 수입이자, 수입배당금 및 자산수증익 합계) - (고정자산 처분손, 유가증권 처분손 및 지급이자 합계)}]
× (과세연도 수도권 밖 이전 본사 근무인원 / 법인 전체 근무인원)
× (과세연도 전체 매출액 - 위탁가공무역 매출액 / 과세연도 전체 매출액)

3. 유의사항 (추징 및 세금 관련)

• 추징 사유: 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우, 감면받은 세액과 이자 상당 가산액이 추징됩니다.
  • 본사 이전 후 사업개시일로부터 3년 이내에 사업을 폐업하거나 해산하는 경우 (사업폐지일 또는 해산일로부터 소급하여 3년 이내 감면세액 추징)
  • 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 않는 등 지원 요건을 충족하지 못하는 경우 (요건 미충족일로부터 소급하여 5년 이내 감면세액 추징)
  • 본사 이전 후 수도권에 본사를 다시 설치하거나, 이전일로부터 3년이 속하는 과세연도 이후 본사 업무 총 상시 근무인원 중 수도권 내 사무소에서 본사 업무에 종사하는 연평균 상시 근무인원이 50% 이상인 경우 (기준 초과 사무소 설치일로부터 소급하여 5년 이내 감면세액 추징)
  • 이전한 본사에 근무하는 임원 수가 수도권 본사 근무 임원 수와의 합계 인원 중 차지하는 비율이 50%에 미달하게 되는 경우 (규정된 비율 미달일로부터 소급하여 5년 이내 감면세액 추징)
• 최저한세 적용: 본 제도의 법인세 감면 자체는 최저한세 적용 대상이 아닙니다. 다만, 수도권과밀억제권역의 본사 양도로 발생한 양도차익에 대한 법인세는 최저한세가 적용됩니다.
• 농어촌특별세: 비과세 대상입니다.

4. 신청 절차 및 제출 서류

과세표준 신고 시 세액감면신청서와 감면세액계산서를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

용어 정의:

• 수도권 등 소재 이전특례지역(*1): 당진시, 아산시, 원주시, 음성군, 진천군, 천안시, 춘천시, 충주시, 홍천군(내면 제외) 및 횡성군의 관할구역과 수도권의 인구감소지역을 말합니다.
• 수도권 밖 소재 이전특례지역(*2): 수도권 밖에 소재하는 광역시의 관할구역과 구미시, 김해시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시 및 포항시의 관할구역을 말합니다.
• 위탁가공무역: 가공임을 지급하는 조건으로 외국에서 가공할 원료의 전부 또는 일부를 수출하거나 외국에서 조달하여 가공한 후 가공 물품 등을 수입하거나 외국으로 인도하는 것을 말합니다.