연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 안내(2025년 중소기업 조세지원)

연구개발 관련 출연금 등 과세특례 제도 안내

기업이 연구개발 활동을 목적으로 정부나 공공기관으로부터 출연금을 지원받는 경우, 해당 출연금에 대한 세금 부담을 완화해 주는 제도입니다. 이는 기업의 연구개발 투자를 장려하고 혁신 성장을 지원하기 위한 조세 지원 방안입니다.

1. 제도 개요
기업이 연구개발 활동을 위해 특정 법률에 따라 국가, 지방자치단체, 공공기관 등으로부터 출연금 등의 자산을 지급받고 이를 별도로 회계 처리하는 경우, 해당 출연금에 상당하는 금액을 비용(손금)으로 인정하여 기업의 세금 부담을 줄여주는 제도입니다.

2. 지원 대상 및 기간

• 대상 기업: 연구개발 등을 목적으로 일정한 법률에 의하여 연구개발출연금 등의 자산을 지급받고 별도의 회계 처리(구분경리)를 하는 내국인 (법인 및 개인사업자 포함)
• 적용 기한: 2026년 12월 31일까지 지급받은 출연금에 대해 적용됩니다.
• 출연금 범위 확대: 2025년부터는 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받는 연구개발출연금으로 범위가 확대되어 더 많은 기업이 혜택을 받을 수 있습니다.
• 관련 법률: 주로 「산업기술혁신 촉진법」, 「정보통신산업 진흥법」, 「중소기업기술혁신 촉진법」, 「소재·부품·장비산업 경쟁력강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」, 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」, 「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」 등 연구개발 지원을 위한 특정 법률에 따른 출연금이 해당됩니다.

3. 지원 내용
연구개발 출연금을 지급받아 별도로 구분 경리하는 경우, 해당 출연금에 상당하는 금액은 즉시 비용(손금)으로 인정됩니다. 다만, 이렇게 비용으로 처리된 금액은 실제 연구개발비로 지출되거나 연구개발용 자산 취득에 사용될 때 다음의 방법으로 다시 수익(익금)으로 처리됩니다.

• 연구개발비로 지출 시: 해당 지출액만큼 해당 과세연도의 소득금액 계산 시 수익(익금)으로 산입됩니다.
• 연구개발용 자산 취득 시:
  • 감가상각 대상 자산: 감가상각이 이루어질 때마다 해당 감가상각액만큼 수익(익금)으로 산입되거나, 해당 자산을 처분할 때 남은 잔액이 일시에 수익(익금)으로 산입됩니다.
  • 그 외 자산: 자산 처분 시 일시에 수익(익금)으로 산입됩니다.

4. 유의사항

• 구분경리 의무: 이 제도의 혜택을 받기 위해서는 연구개발 출연금을 다른 사업 소득과 명확히 구분하여 별도의 회계 처리를 해야 합니다. 이는 법인세법상 수익사업과 비수익사업의 회계 처리와 유사하게, 자산, 부채, 손익을 각각 독립된 계정과목으로 기록하는 것을 의미합니다.
• 사후관리 및 추징: 다음과 같은 사유가 발생하면, 손금 산입했던 출연금 상당액이 일시에 수익(익금)으로 산입되어 세금이 추징될 수 있습니다 (합병, 분할의 경우는 제외).
  • 연구개발 출연금을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하는 경우.
  • 해당 연구개발에 사용하기 전에 사업을 폐업하거나 법인이 해산하는 경우.
• 최저한세 적용 대상: 이 제도를 통해 감면받는 세액은 「최저한세」 규정의 적용을 받으므로, 일정 수준 이상의 세금은 납부해야 합니다.
• 농어촌특별세 비과세: 이 제도에 따른 세액 감면에 대해서는 농어촌특별세가 부과되지 않습니다.

5. 절차 및 제출 서류
법인세 또는 소득세 과세표준 신고 시 다음의 서류를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

• 출연금 등 익금불산입명세서

[참고] 출연금 등 익금불산입명세서 미제출 시에도 과세특례 적용 가능 여부
출연금 등 익금불산입명세서 제출 의무는 납세자의 협력 의무에 해당합니다. 따라서 명세서를 기한 내 제출하지 못했더라도, 제도의 요건을 모두 충족한다면 과세특례 혜택을 받을 수 있습니다. 세법상 감면 요건이 충족되면 당연히 감면이 적용되는 것이며, 감면 신청이 있어야만 감면되는 것은 아닙니다.

6. 관련 법령

• 「조세특례제한법」 제10조의 2
• 「조세특례제한법 시행령」 제9조의 2

7. 용어 해설

• 손금산입: 세법상 비용으로 인정하여 과세 대상 소득에서 차감하는 것을 의미합니다. 기업의 세금 부담을 줄여주는 효과가 있습니다.
• 익금산입: 세법상 수익으로 인정하여 과세 대상 소득에 포함하는 것을 의미합니다. 기업의 세금 부담을 늘리는 효과가 있습니다.
• 감가상각: 유형자산의 취득원가를 해당 자산의 사용 기간에 걸쳐 합리적으로 배분하여 비용으로 처리하는 회계 절차입니다.