연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세(소득세) 감면 안내(2025년 중소기업 조세지원)

연구개발특구 입주기업 법인세(소득세) 감면 제도 안내

본 제도는 연구개발특구에 입주한 중소기업의 성장을 지원하기 위한 조세지원 방안입니다. 특정 요건을 충족하는 기업은 법인세 또는 소득세 감면 혜택을 받을 수 있습니다.

1. 적용 대상 기업

다음 두 가지 유형의 기업이 감면 대상입니다:

• 첨단기술기업: 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항에 따라 2025년 12월 31일까지 지정을 받은 기업.
• 연구소기업: 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의 3 제2항에 따라 2025년 12월 31일까지 등록한 기업.

2. 감면 대상 업종

감면 혜택은 다음의 감면 대상 업종에서 발생한 소득에 한하여 적용됩니다:

• 「생명공학육성법」 제2조 제1호에 따른 생명공학 관련 산업 (종자 및 묘목생산업, 수산물 부화 및 수산종자생산업 포함).
• 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따른 정보통신산업.
• 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스 제공 산업.
• 「산업발전법」 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품 관련 산업.

3. 감면 내용 및 기간

감면 대상 사업에서 발생한 소득에 대하여 다음과 같이 법인세(소득세)를 감면합니다.

• 최초 소득 발생 사업연도부터 3년간: 법인세(소득세) 100% 감면
• 이후 2년간: 법인세(소득세) 50% 감면

4. 감면 한도

감면받을 수 있는 세액은 다음 두 가지 금액을 합한 금액을 초과할 수 없습니다:

• 관련 사업을 위해 취득한 사업용 자산(유형자산, 건설 중인 자산, 무형고정자산) 투자누계액의 50%.
• 해당 과세연도 대상 사업장의 상시근로자 수 × 1천5백만원 (청년 상시근로자 및 서비스업은 2천만원).

5. 사후관리 및 추징 사항

감면 혜택을 받은 후 다음의 사유가 발생할 경우, 감면받은 세액이 추징될 수 있습니다.

• 고용 감소: 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중, 각 과세연도의 감면 대상 사업장 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하는 경우, 감면받은 세액 상당액을 납부해야 합니다.
• 사업 폐지, 법인 해산, 특구 외 이전: 감면 대상 사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산하는 경우(합병, 분할 제외), 또는 연구개발특구 외의 지역으로 이전하는 경우, 법인세(소득세)와 이자 상당액을 가산하여 납부해야 합니다.

6. 세법상 고려사항

• 최저한세: 법인세(소득세) 100% 감면을 받는 과세연도에는 최저한세가 적용되지 않습니다. 50% 감면 기간에는 최저한세가 적용될 수 있습니다.
• 농어촌특별세: 본 제도를 통한 법인세(소득세) 감면분에는 농어촌특별세가 비과세됩니다.

7. 신청 절차

과세표준 신고 시 세액감면신청서를 작성하여 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

8. 참고 자료

제도에 대한 상세 내용은 첨부된 '2025년도 중소기업 조세지원 안내 책자' 151~152페이지, '6-4번. 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세(소득세) 감면' 사업 부분을 참조하시기 바랍니다.